Na nepevnost charakteru svého syna upozorňoval už jeho otec TGM. Doporučoval mu držet se Edvarda Beneše. Jemu viditelně podlehl a společně s ním pomohli vydat svobodné Československo do další okupace zločineckému SSSR.
„Benešovy dekrety jsou hrubým porušením lidských práv, za něž tehdejší vláda, i dnes, včetně prezidenta Beneše, by se ocitla před Tribunálem pro válečné zločiny v Haagu“. Karel Schwarzenberg
„Párkrát jsem se s ním potkal před více než čtyřiceti lety (byl to syn paní učitelky Aleny Pecinové) a vždy mě na něm fascinovalo, že fungování jeho mozku se zcela vymykalo běžným normám.“
„Věrnost mému lidu pro mě znamená víc než můj majetek nebo můj život.“ Jan A. Baťa nemluvil nahlas, protože nemohl riskovat životy těch, kdo sami mluvit nemohli. Toto mlčení, tehdy nepochopené, si dnes žádá uznání.
Jan A. Baťa byl zcela zproštěn všech obvinění. Rehabilitace vyvrcholila 28. října 2019. Prezident Zeman mu posmrtně udělil Řád Bílého lva I. třídy – nejvyšší státní vyznamenání. Upevnil odkaz jednoho z nejvýznamnějších vizionářů a vlastenců.